中国科学院南京地理与湖泊研究所是国家首批具有硕士学位授予权的单位之一，1993年开始招收培养自然地理学博士研究生。目前本所设有“地理学”博士后流动站，“自然地理学”、“人文地理学”和“环境科学”等3个博士学位授予点以及“自然地理学”、“人文地理学”、“环境科学”和“地图学与地理信息系统”等4个硕士学位授予点。现有博士研究生指导教师及硕士研究生指导教师60余名。目前在读研究生规模达到160人。在站博士后20余人。自1982年以来累计培养研究生450余名（其中博士研究生280多名）。

二十多年来，在中国科学院研究生院领导和本所领导高度重视下，本所研究生教育始终围绕和紧密配合“知识创新工程”，通过研究生教育与培养，以保障全所科研队伍对流动人才队伍的需求，形成了自己的独特优势和鲜明特色，同时为国家和社会培养和输送了一批优秀的湖泊学、地理学、环境科学等方面的高层次研究与创新人才。他们中的大多数人员已成为科研院所、高等院校和企事业单位相关学科和领域的领军人物和骨干力量。

中国科学院南京地理与湖泊研究所研究生教育与培养工作将继续以科学发展观为指导，在创新教育和培养创新人才的实践中开拓进取，为国家培养高质量、高层次创新人才而不懈努力。