淡水湖泊是排放到大气中的甲烷的主要贡献者-比全球的海洋提供的还要多。一些厌氧微生物产生的甲烷蕴藏在沉积物或缺氧的深水水域，然而含氧的表层水体也能通过生物过程产生甲烷。 在印度尼西亚的马塔诺湖（ Lake Matano, Indonesia）的上层湖水中甲烷含量处于饱和状态，研究人员发现甲烷细菌的生产力与湖泊水体中可利用的P含量密切相关。异养菌分解甲基膦酸酯作为P的来源，并在此过程中释放甲烷。在培养试验中也可以看到，当P含量增加时甲烷产量下降。因此，湖泊的甲烷释放模型应当耦合不同含氧的水层可用营养盐含量，以帮助准确预测全球甲烷排量预测。