2009年12月19日，科技部基础研究管理中心在南京组织召开湖泊与环境国家重点实验室（依托中国科学院南京地理与湖泊研究所）建设验收会议。实验室验收专家组由来自中科院地质与地球物理研究所、水利部太湖流域管理局、中科院水生生物研究所、中科院地球环境研究所、北京大学、河海大学和南京师范大学的8位专家组成，中国科学院地质与地球物理研究所刘嘉麒院士担任组长。科技部基础研究管理中心吴根处长和杨晓秋博士，科技部基础研究司基地建设处周文能处长，主管部门中国科学院计划财务局潘锋副局长、侯宏飞处长、翟金良博士等领导出席会议并讲话。

专家组听取了实验室主任沈吉所作“建设运行情况汇报”和依托单位杨桂山所长所作对实验室建设支持情况汇报，现场考察了实验室建设情况，查阅了学术委员会会议纪要、仪器设备采购、实验室基础设施改造等相关文字资料和档案，并与实验室主要科研骨干进行了座谈。

湖泊与环境国家重点实验室以中国科学院湖泊沉积与环境重点实验室为基础，整合研究所湖泊科学相关优势学科方向的科研骨干力量和野外观测试验研究站，于2007年4月组建国家重点实验室并获得国家科技部立项批准。2007年10月国家科技部批准该实验室的建设计划。实验室在建设过程中，面向国家战略需求和学科前沿，围绕建设计划任务书所确定的方向、目标，瞄准保障国家湖泊水安全和维系区域生态安全方面的重大科学问题，围绕湖泊形成与演化、湖泊水文与水资源、湖泊环境污染与生态修复和湖泊-流域相互作用与调控等四大研究方向，开展湖泊环境演变规律与驱动机制，湖泊水文动力过程与环境效应，湖泊环境污染治理与生态修复的原理与技术，湖泊-流域综合管理的理论与方法等基础与应用基础研究。

建设期间，实验室主持承担了包括国家973、863、国家基础性工作专项、“十一五”国家重大水专项、国家支撑计划项目等125项，发表论文271篇（SCI论文112篇），出版著作10部，授权专利16项，获得省部级科技奖励6项，关于太湖蓝藻水华形势分析等咨询报告获得国家/省领导人批示4份。实验室在我国不同区域典型湖泊演化及其动力学机制、大型浅水湖泊富营养化形成机制与控制途径、蓝藻水华形成的四阶段理论及太湖蓝藻水华短期预测预报、大型水利工程运行引起的江湖关系变化等方面的研究取得了重要进展。

实验室采取切实可行的措施，通过引进和培养高水平优秀人才充实相关学科的研究队伍，鼓励开展跨学科组交叉与综合研究，推动相关学科的发展，队伍建设和人才培养取得了显著成效。建设期内，1人获国家杰出青年基金，引进入选中国科学院“百人计划”3名，研究员1名，形成了一个结构更加合理、充满活力、团结协作、具有可持续创新能力的、多学科交叉的学术团队。

实验室按建设计划完成大型仪器设备购置、安装、调试及相关配套设施建设，实验大楼扩建工程顺利完工，新增实验用房面积1260平方米，野外台站和湖泊-流域数据中心的建设逐步完善，为实验室的创新研究提供了有力的支撑。

实验室制定和完善了一系列重要规章制度，设备运行和开放使用效率高，重视发挥学术委员会、学术带头人和骨干科技人员的作用，重视团队建设和国内外学术交流与合作，形成了“开放、流动、联合、竞争”的良好运行机制。依托单位对实验室建设高度重视，在实验室人员编制、管理权限、科研用房以及运行费等方面给予了大力支持，保证了实验室的高效运行。

专家组认为，经过两年的建设湖泊与环境国家重点实验室在科学研究、平台建设、人才培养和引进、团队建设、对外开放、服务共享、国际交流与合作、管理运行等方面均取得了重要进展，圆满完成了建设目标任务，一致同意通过验收。