2009年4月18日，《长江保护与发展报告2009》在北京首发，这是继2007年首次发布《长江保护与发展报告》后再次针对长江的保护与发展中新问题与新进展进行“大盘点”。
　  中国科学院副院长、全国人大常委丁仲礼院士，WWF全球淡水项目主任李利锋博士出席了首发式。首发式由中国科学院资源环境科学与技术局局长范慰茗研究员主持，WWF北京代表处项目实施总监朱春全博士、国家开发银行规划局常思勇副局长等到会致辞，报告主编中国科学院南京地理与湖泊研究所杨桂山研究员介绍了报告的内容、观点与建议。
　  报告主编杨桂山研究员在首发式上指出，2009报告针对近两年来长江保护与发展的最新进展和热点问题，重点关注政府、科学界和社会公众普遍关心的流域重大工程建设与气候变化对长江保护与发展可能的影响方式、程度和应对策略。
　  报告采用28项定量化的指标，从发展水平、发展活力、发展能力和综合实力四个角度，对拥有长江岸线的沿江39个大中城市发展状态进行了客观评价和比较排序。总体来看，沿江地区经济继续保持两位数快速增长，呈现又好又快发展势头，在全国地位不断上升，区域统筹与协调也显著加强。
　  针对近两年来持续走热的气候变化及其区域影响问题，报告分析了长江流域气候变化及其对水资源、不同类型生态系统影响的基本事实，预估未来气候变化对长江水资源和流域农田、源区草原、上游森林、中下游湿地等典型生态系统的可能影响。报告指出，长江流域水资源和生态系统对气候变化的响应十分复杂，并存在很大的不确定性，迫切需要在长期观测试验和数据积累的基础上，开展针对气候变化影响与适应性评估的跨学科综合模拟研究，从而为适应性管理提供科学依据。
　  针对社会各界普遍关注的长江流域重大工程建设的效益和生态环境影响问题，以长江流域三峡工程、重大防洪工程等重大水工程和退耕还林、天然林资源保护和长江防护林等生态工程为重点，依据大量跟踪监测和专题研究资料，系统评估了三峡工程蓄水运行对库区水环境变化、水库下游长江水文情势变化与河道演变、长江与鄱阳湖及洞庭湖的江湖关系变化的影响，重大水工程对长江鱼类资源保护的影响，重大防洪工程的防灾减灾效应、重大生态工程建设的生态效应及存在的问题，有助于社会各界减少争论，客观认识重大工程建设的得失，总结经验、发现问题、提出对策。
　  同时，报告聚焦近两年长江流域突发的汶川特大地震、南方低温雨雪冰冻灾害以及太湖饮用水源污染等重大事件，系统评述了重大突发事件的发生发展及其对生态的短期和长期影响，对下一步的生态恢复和建设提出有针对性的科学建议。
　  另外，报告还预估了海平面上升、三峡工程与南水北调东线工程建设对河口盐水入侵和上海城市供水的影响；系统分析了长江河口历史演变过程，提出了长江河口综合整治与湿地生态保护的策略；总结了长三角地区改革开放30年发展成就、面临的发展机遇和挑战，提出了长三角保护与发展的重点。报告指出，长三角地区应该优化区域空间发展布局，加快推进区域一体化进程；严格保护耕地和生态用地，提高用地集约利用水平，合理利用土地资源。同时，加强饮用水源地水质保护，加大水环境和大气环境污染防治，并建设生态安全网架体系，重点保护重要生态功能区。
　  《长江保护与发展报告2009》为长江保护与发展系列报告的第二部，由中国科学院、国家开发银行和WWF（世界自然基金会）共同组织来自中国科学院相关研究所，中国气象局气候变化中心、国家林业局退耕还林工程管理中心、水利部长江科学院等部门和研究机构以及华东师范大学等高校30余位在长江保护与发展研究方面具有丰富理论和实践经验的科研与管理专家合作完成。
　  2007年首部《长江保护与发展报告2007》发布之后，引起了国务院、相关部委、科学界、各大媒体和社会公众的广泛关注，并引起了国际社会的高度关注，被誉为长江的第一份“体检”报告。