目前研究所已在湖泊沉积与环境演化、湖泊水环境与污染治理、流域环境与发展等方面取得了重要研究进展。在湖泊沉积与环境演化方面创新发展了湖泊环境要素定量重建的手段，揭示了我国不同时间尺度区域环境演化的过程与规律、青藏高原隆升与季风环流的关系、季风和西风环流影响下的我国大陆区域环境演化的分异过程以及人与自然相互作用的湖泊环境响应过程，形成迄今为止我国湖泊沉积与区域环境演化研究领域最为系统且最具特色的成果；在湖泊水环境与污染治理方面揭示了大型浅水湖泊水动力过程、界面交换与湖泊富营养化的关系，阐明了蓝藻水华形成的基本规律及气象与水文条件对蓝藻水华形成的驱动机制，建立了太湖水动力－富营养化模拟及蓝藻水华预测预警模型，发展了湖泊污染负荷控制与生态系统修复的理论与技术；在流域环境与发展方面成功研制了洞庭湖与鄱阳湖区江湖耦合水动力模型以及太湖平原区分布式水文模型与营养盐产出输移模型，阐明了三峡工程蓄水运行对不同水文年洞庭湖和鄱阳湖各月水位的影响幅度及其空间差异，揭示了流域土地利用变化对洪水加剧的影响方式与小水大灾的形成机理；模拟估算出近20年太湖流域土地利用变化引起的营养盐产出与输移通量。

　  近五年来，研究所主持获得国家自然科学二等奖1项，参与主持获得国家自然科学二等奖和国家科技进步二等奖各1项，江苏省科技进步二等奖6项；五年累计发表科技论文总数1791篇，其中SCI 论文406篇，TOP SCI论文32篇；出版专著23部，获得专利授权48项，其中发明专利36项。

　  创新成果取得了较好的国内外反响。美国著名古湖泊学家Steven M. Colman 等认为我所青海湖湖泊沉积研究系列成果引领了国际古湖沼学研究；云南洱海全新世沉积研究被PAGES（2006）第5 主题作为人与自然相互作用研究的范例；大型浅水湖泊水动力过程、界面交换与湖泊富营养化的关系研究成果，在国际湖沼学顶级期刊《Limnology and Oceanography》连续发表，成为该杂志近60 年来首次刊登的来自中国湖沼学领域科学家的论文；《Science》和《Nature》对我所营养盐负荷估算与控源截污以及区域环境演变模拟等研究成果进行了专项评述或作为亮点报道。

　  在服务国家重大需求方面，我所建立的太湖蓝藻水华预测预警系统纳入江苏省太湖蓝藻防控应急体系，在2008－2009年夏季蓝藻水华形成期间，每周二次向江苏省太湖水污染防治办公室提交《太湖水污染及蓝藻监测预警半周报》，对未来72小时太湖蓝藻水华发生的概率及湖区进行预测预警，为实现“确保饮用水安全有效保障，湖泊不发生大面积湖泛”等太湖治理目标发挥了重要作用。我所牵头组织编制的《长江三角洲区域规划》获国务院常务会讨论通过，正式颁布实施。五年来，我所向国家及省部提交重大咨询报告11份，其中7份被中办和国办采纳或得到国家领导人批示，4份获得省部级主要领导批示。